《机动战士高达F91》的电影版于1991年3月16日上演，影片描写0123年3月16日至3月30日“克洛斯邦·班卡多动乱”（Crossbone Vanguard）时期的故事。　　U.C.0123年3月16日，殖民卫星FRONTIER SIDE遭到自称C.V（死亡先锋）的迷之MS部队袭击，造成FRONTIER Ⅳ的 500 多居民死亡、 14 万人避难。 在避难的人群中有GUNDAM F91开发者之一梅凌·亚诺博士的一对子女西布顿（シ—ブック アノ—）、丽诗，以及罗拿家族的次女贝拉·罗拿，又名茜茜莉·费尔齐。罗拿家族是 C.V的领导者，提倡贵族主义并欲统一殖民卫星、建立宇宙巴比伦空中花园。茜茜莉的母亲娜迪亚不满于家族的束缚而和一名叫史奥·费尔齐的下人私奔，当她发现史奥卑劣的人格后又抛下自己的女儿不知所踪。当西布顿等人来到码头，在其父洛士尼·亚诺的带领下登上小型穿梭机时，茜茜莉在其养父史奥的胁迫下，离开西布顿和自己的哥哥度雷一起返回罗拿家。逃到FRONTIER Ⅰ的西布顿一行，遇到了联邦军的练习船舰“宇宙方舟”。　　3月19日至22日，C.V开始进攻FRONTIER Ⅱ、 Ⅲ并将其压制。因为缺少人手，西布顿他们被拉入联邦军帮忙，也因此发现其母亲开发的F91 亦在此方舟内（采用了生物电脑的F91，事实上是专为NEW TYPE设计的）。 丽诗还替机械师解答了母亲在F91生物电脑中留下的迷题， 这使得每启动一次就会出故障的F91终于被完成了， 又因“宇宙方舟”上只得比基特一位驾驶员，故西布顿被推上 F91的驾驶舱，他的NEW TYPE能力也开始渐渐地觉醒了。另一方面，回到罗拿家的茜茜莉受到祖父马尔捷的热烈欢迎，　　并想让她成为宇宙巴比伦空中花园的女王。被祖父一番剖白打动的茜茜莉剪去长发打算留在罗拿家，并开始学习驾驶MS，教她驾驶MS的查贝尼（C.V 中最强的“黑之部队”队长）亦发现茜茜莉也是NEW TYPE。　　3月26日，C.V的最高指挥官铁假面（茜茜莉的父亲，原名卡罗素，因妻子和别人私奔而戴上面具遮丑，乃是强化人类）在FRONTIER Ⅳ发表宇宙巴比伦宣言。 而西布顿亦趁机潜入罗拿家的别墅，欲带走茜茜莉未果，反而连累了自己的父亲。回到“宇宙方舟”，和分别多时的母亲相遇，不免责怪其母抛下他和丽诗埋头于工作中。当西布顿和他的母亲尽释前嫌时，茜茜莉的母亲娜迪亚亦逼着史奥带她去见自己的女儿，并要茜茜莉离开罗拿家。不听母亲劝告的茜茜莉扬长而去，此时娜迪亚发现站在她身后的史奥已被铁假面所杀，紧接着自己也被C.V的士兵抓了起来。　　3月30 日， 不知情的茜茜莉与查贝尼一起奉命佯攻FRONTIER Ⅰ，而铁假面则带着他的舰队占领FRONTIER Ⅰ的能量供应装置替其秘密武器“巴克”提供能源。查贝尼的部下玛安娜.布尔芝因嫉妒其上司对茜茜莉的过分关怀而倒戈，投奔“宇宙方舟”，和西布顿等人一同迎击C.V 的“黑之部队”。当安娜玛丽的MS被查贝尼击中后，西布顿亦与茜茜莉的MS交锋，所幸最后两人认出了对方，茜茜莉回到西布顿的身边。“黑之部队”撤退后不久，铁假面的母舰上便放出大量“巴克”进入卫星中。“巴克”是一种专门用来杀人的兵器，它能感应人的波长而上天入地将卫星中的居民全部杀死！西布顿、茜茜莉和比基特三人奋力抵抗“巴克”，却没有多大效果，比基特当场阵亡。西布顿和茜茜莉设法将“巴克”吸引到狭窄的通道中令其相撞，然后又炸毁了生产“巴克”的船舰。回到母舰上的查贝尼，知晓铁假面瞒着他和总帅马尔捷制造了“巴克”并企图以此将月球和地球的居民全部抹杀之事后，立刻将铁假面的副官处死，并令余下的C.V部队撤离FRONTIER Ⅰ。　　觉察到茜茜莉背叛的铁假面恼羞成怒，驾驶着最新的MA“拉夫烈西亚”追击茜茜莉和西布顿。战斗初始， F91和茜茜莉驾驶的比维拿.基拿在拉夫烈西亚的强大力量下毫无还手之力，比维拿.基拿被击毁，茜茜莉被铁假面抓出驾驶舱抛向茫茫的宇宙。愤怒的西布顿发挥出F91 真正的力量，使出有质量的残像“分身”将铁假面打倒。战斗结束后，及时逃出FRONTIER Ⅰ的宇宙方舟缓缓驶向F91，查贝尼见宇宙方舟上搭载着大量的难民，又目睹到西布顿失魂落魄地四处寻找茜茜莉的样子，便放过他们带着自己的部下悄悄离去了。西布顿在其母亲的指点下，运用NEWTYPE的感知能力， 终于找到了飘荡在无尽空间中的茜茜莉，两人相拥在一起，其喜悦之情不言而喻

皿屋敷中学的不良少年浦饭幽助终日无所事事，或与青梅竹马雪村萤子吵架拌嘴，或拿死对头桑原和真出气。某日，逃课玩耍的幽助从车轮下救起一位小姑娘，自己则被汽车撞死。他的举动出乎灵界的预料，因此得到一个复活的机会。经过一次次的考验，幽助最终在萤子和桑原的帮助下重返人间。

故事发生在遥远未来的浩瀚宇宙中，银河帝国与从帝国中分裂开来的自由行星同盟是存在于其中的两大势力，他们相互为敌，之间不断发生着残酷的战争。联结着帝国和同盟的，是两条著名的回廊——“费杀回廊”和“伊谢尔伦回廊”，而在费沙回廊中，存在这一个特殊的国家——“费沙自治领”，这个看似弱小的国家以它的方式在动荡的局势中独善其身，成为了不可小觑的又一股势力。长久以来，在三股势力之间维持着微妙的平衡，而帝国的莱因哈特·冯·罗严克拉姆（堀川亮配音）与同盟的杨威利（富山敬配音）的出现预示着平衡的终结，历史的车轮就此开始转动。

顺利升入高中的少年富樫勇太（福山润配音）在初中时代曾是暗黑系的中二病患者，当年他自称黑炎之主人，自我感觉良好地度过了无厘头的中学生活。但是此刻他“痛改前非”，将这段经历看作不堪回首的耻辱过去，为此甚至不惜报考一个离家很远没有人认识自己的高中。在新的学校，勇太如愿以偿结交了一色诚（保志总一朗配音）、丹生谷森夏（赤崎千夏配音）以及学姐五月七日茴香（浅仓幸美配音）这样稍显正常的朋友，也准备和心仪的女孩大谈一场浪漫恋爱。但是令他备为挠头的是，楼上新搬来的住户兼同班同学小鸟游六花（内田真礼配音）却是一个中二病的深度患者。小女孩每天唧唧歪歪，怪力乱神。好不容易摆脱初中阴影的勇太，高中恋爱之梦日渐飘渺……

联合地球历192年，来自外太空的神秘生物入侵地球，它们大肆破坏，屠杀人类，地球变成一片火海，人类文明危在旦夕。

经历了一番波折，曾经的暗黑系中二深度患者富樫勇太（福山润 配音）终于和现役中二中毒者小鸟游六花（内田真礼 配音）确立了恋爱关系。因妈妈出差和爷爷的失误，六花暂时借住在勇太家中，二人开始实质的同居生活。转眼他们升入了高二，青春气息鄙人的校园内，一色诚（保志总一朗 配音）换了新的发型，丹生谷森夏（赤崎千夏 配音）发誓君临校园，凸守早苗（上坂堇 配音）和阿森的爱憎对决依然继续，变成三年级的“残念生”五月七日茴香（浅仓幸美 配音）则冷感继续。

仓田纱南（小田静枝配音）从小就进入剧团表演，以童星的身份出道，人气十分了得。可是，即使是这样的孩子也有着数不清的烦恼。班上名为羽山秋人（中崎达也配音）的男生带头反抗老师，使得班级陷入混乱之中，令纱南十分头痛，然而，当纱南得知秋人悲惨的身世和糟糕的家庭状况之后，决心依靠自己的力量来治愈秋人。佐佐木刚（三泽真弓配音）是纱南和秋人的朋友，善良的刚不幸遭遇了家庭破裂的悲剧而遭到同学们的嘲笑，就在此时，善良的杉田亚矢（菊地晶子配音）站了出来，不仅袒护了刚，跟做出了惊人的告白。在不知不觉中，纱南已经深深喜欢上了秋人，然而，当她意识到自己的感情之时，却得知秋人已经开始了和好友松井风花（生驹治美配音）的交往。

故事开始于四百多年前的日本战国时代。阳炎（三石琴乃配音）将自己的儿子烈火（冈野浩介配音）传送到了现代，和烈火一起穿越时空的还有他同父异母的哥哥红丽（置鲇龙太郎配音）。之后，遭到了诅咒的阳炎就一直在寻找自己的孩子。如今的烈火是一名十六岁的高中生，唯一与众不同的地方就是他能从手心处燃起火焰而不被灼伤。一次偶然中，烈火邂逅了名为佐古下柳（增田由纪配音）的女孩，柳和烈火一样异于常人，她拥有能够治愈伤口的超能力。就这样，烈火成为了对柳忠心耿耿的忍者，这让一直默默喜欢着烈火的雾泽风子（平松晶子配音）感到十分不快，风子内心的黑暗情绪让她成为了影法师的傀儡，站到了烈火的对立面。

在未来世纪（FutureCentury，F.C.）由于地球严重被污染，人类移往宇宙殖民星，建立了新中国、新日本、新美国等殖民星国。各国在地球虽然还存有领土，但已受到严重的忽视。为了避免战争，各国决定以一场高达擂台赛(GundamFight，高达武斗)来决定各殖民星国对地球的统治权。比赛每四年一度，以地球为擂台，每个国家（殖民星）派出一位代表参赛，一对一以高达对战，直至只有一名胜利者。胜利者所属国家可擭得各殖民星国及地球管理权四年，直至另一个国家在下一次高达对决获胜。而活在地球上的居民，便要忍受在各国代表在对战时所造成的破坏。故事发生在未来世纪六十年开始，当时正开始第十三届高达擂台赛。故事的主角，来自新日本的codeerror!，为了追寻盗去以DG细胞三大理论，自我增殖、自我再生、自我进化设计出来的codeerror!(DevilGundam)的兄长，决定参加这一次的高达对决，故事就此展开。

高中毕业前最后的暑假，富樫勇太（福山润饰）和小鸟游六花（内田真礼饰）依然过着平静的生活，只是两人的关系似乎没有更进一步的苗头。在此期间，六花的姐姐十花在意大利找到工作，遂决定举家迁往海外。而面对重度中二病患者的妹妹——连上大学都成问题的六花，作为姐姐的十花无论如何不放心将她一个人留在日本。得知要和六花分开，勇太内心充满焦灼。担心二人的丹生谷（赤崎千夏饰）想出个馊主意，于是这对少男少女展开了足迹遍布全日本的私奔之旅……