隶属于美国军方的某神秘机构，正在进行着一项隐形技术的研究。科学家塞巴斯蒂安·凯恩（凯文·培根 Kevin Bacon 饰）是这支小组的主要负责人，经过多年的努力，他们的研究在动物身上已经初见成效。急功近利的塞巴斯蒂安无视药物的不稳定性，执意在自己身上尝试。该药物的隐形效果非常出色，但是塞巴斯蒂安却无法恢复正常。为此，他的搭档琳达·福斯特（伊莉莎白·舒尔 Elisabeth Shue 饰）和马特·肯辛顿（乔希·布鲁林 Josh Brolin饰）抓紧解药的开发，而塞巴斯蒂安却越来越喜欢隐形的感觉，透明的状态让他可以为所欲为。为了保持现有状态，他变得丧心病狂……

“军队罪行调查部”的高级官员布伦纳（约翰·特拉沃夫塔 John Travolta 饰）和其助手森希尔（马德琳·斯托 Madeleine Stowe 饰）奉命36小时内调查清楚一起神秘的谋杀案，副总统的有力竞争者坎贝尔将军（詹姆斯·克伦威尔 James Cromwell 饰 ）的女儿伊丽莎白（莱斯利·斯蒂芬森 Leslie Stefanson 饰）在军事基地内被残忍杀害。随着调查深入，布伦纳发现曾就读于西点军校的伊丽莎白除了成绩优异、长相出众外在高中时还发生过一起不为人知的事情，与父亲的关系并不融洽，而坎贝尔将军也不像他所塑造的形象一样刚正不阿。在揭开事情真相的同时布伦纳也发现了许多军队中的秘密。最终，杀人凶手被惩治以法，事件得以平息。