《机动战士高达F91》的电影版于1991年3月16日上演，影片描写0123年3月16日至3月30日“克洛斯邦·班卡多动乱”（Crossbone Vanguard）时期的故事。　　U.C.0123年3月16日，殖民卫星FRONTIER SIDE遭到自称C.V（死亡先锋）的迷之MS部队袭击，造成FRONTIER Ⅳ的 500 多居民死亡、 14 万人避难。 在避难的人群中有GUNDAM F91开发者之一梅凌·亚诺博士的一对子女西布顿（シ—ブック アノ—）、丽诗，以及罗拿家族的次女贝拉·罗拿，又名茜茜莉·费尔齐。罗拿家族是 C.V的领导者，提倡贵族主义并欲统一殖民卫星、建立宇宙巴比伦空中花园。茜茜莉的母亲娜迪亚不满于家族的束缚而和一名叫史奥·费尔齐的下人私奔，当她发现史奥卑劣的人格后又抛下自己的女儿不知所踪。当西布顿等人来到码头，在其父洛士尼·亚诺的带领下登上小型穿梭机时，茜茜莉在其养父史奥的胁迫下，离开西布顿和自己的哥哥度雷一起返回罗拿家。逃到FRONTIER Ⅰ的西布顿一行，遇到了联邦军的练习船舰“宇宙方舟”。　　3月19日至22日，C.V开始进攻FRONTIER Ⅱ、 Ⅲ并将其压制。因为缺少人手，西布顿他们被拉入联邦军帮忙，也因此发现其母亲开发的F91 亦在此方舟内（采用了生物电脑的F91，事实上是专为NEW TYPE设计的）。 丽诗还替机械师解答了母亲在F91生物电脑中留下的迷题， 这使得每启动一次就会出故障的F91终于被完成了， 又因“宇宙方舟”上只得比基特一位驾驶员，故西布顿被推上 F91的驾驶舱，他的NEW TYPE能力也开始渐渐地觉醒了。另一方面，回到罗拿家的茜茜莉受到祖父马尔捷的热烈欢迎，　　并想让她成为宇宙巴比伦空中花园的女王。被祖父一番剖白打动的茜茜莉剪去长发打算留在罗拿家，并开始学习驾驶MS，教她驾驶MS的查贝尼（C.V 中最强的“黑之部队”队长）亦发现茜茜莉也是NEW TYPE。　　3月26日，C.V的最高指挥官铁假面（茜茜莉的父亲，原名卡罗素，因妻子和别人私奔而戴上面具遮丑，乃是强化人类）在FRONTIER Ⅳ发表宇宙巴比伦宣言。 而西布顿亦趁机潜入罗拿家的别墅，欲带走茜茜莉未果，反而连累了自己的父亲。回到“宇宙方舟”，和分别多时的母亲相遇，不免责怪其母抛下他和丽诗埋头于工作中。当西布顿和他的母亲尽释前嫌时，茜茜莉的母亲娜迪亚亦逼着史奥带她去见自己的女儿，并要茜茜莉离开罗拿家。不听母亲劝告的茜茜莉扬长而去，此时娜迪亚发现站在她身后的史奥已被铁假面所杀，紧接着自己也被C.V的士兵抓了起来。　　3月30 日， 不知情的茜茜莉与查贝尼一起奉命佯攻FRONTIER Ⅰ，而铁假面则带着他的舰队占领FRONTIER Ⅰ的能量供应装置替其秘密武器“巴克”提供能源。查贝尼的部下玛安娜.布尔芝因嫉妒其上司对茜茜莉的过分关怀而倒戈，投奔“宇宙方舟”，和西布顿等人一同迎击C.V 的“黑之部队”。当安娜玛丽的MS被查贝尼击中后，西布顿亦与茜茜莉的MS交锋，所幸最后两人认出了对方，茜茜莉回到西布顿的身边。“黑之部队”撤退后不久，铁假面的母舰上便放出大量“巴克”进入卫星中。“巴克”是一种专门用来杀人的兵器，它能感应人的波长而上天入地将卫星中的居民全部杀死！西布顿、茜茜莉和比基特三人奋力抵抗“巴克”，却没有多大效果，比基特当场阵亡。西布顿和茜茜莉设法将“巴克”吸引到狭窄的通道中令其相撞，然后又炸毁了生产“巴克”的船舰。回到母舰上的查贝尼，知晓铁假面瞒着他和总帅马尔捷制造了“巴克”并企图以此将月球和地球的居民全部抹杀之事后，立刻将铁假面的副官处死，并令余下的C.V部队撤离FRONTIER Ⅰ。　　觉察到茜茜莉背叛的铁假面恼羞成怒，驾驶着最新的MA“拉夫烈西亚”追击茜茜莉和西布顿。战斗初始， F91和茜茜莉驾驶的比维拿.基拿在拉夫烈西亚的强大力量下毫无还手之力，比维拿.基拿被击毁，茜茜莉被铁假面抓出驾驶舱抛向茫茫的宇宙。愤怒的西布顿发挥出F91 真正的力量，使出有质量的残像“分身”将铁假面打倒。战斗结束后，及时逃出FRONTIER Ⅰ的宇宙方舟缓缓驶向F91，查贝尼见宇宙方舟上搭载着大量的难民，又目睹到西布顿失魂落魄地四处寻找茜茜莉的样子，便放过他们带着自己的部下悄悄离去了。西布顿在其母亲的指点下，运用NEWTYPE的感知能力， 终于找到了飘荡在无尽空间中的茜茜莉，两人相拥在一起，其喜悦之情不言而喻

司徒王允设下连环计，赚得吕布杀死董卓。而各路诸侯经过前期的攻伐兼并，此消彼长，慢慢形成了几个主要的军事集团。曹操孟德（渡哲也配音）率先进入残破的洛阳迎接汉献帝（佐藤浩之配音），从而以丞相身份挟天子以令诸侯，其麾下文有荀彧，武有夏侯惇，可谓良才如云。长江以南，孙权（柴田秀胜配音）结果兄长孙策的权杖，建立起割据一方的东吴政权。与此同时，相对弱小的刘备（あおい輝彦配音）听从诸葛亮（山口崇配音）的建议在蜀地形成自己的一方势力。三国鼎立的局面即将形成，而孙刘两家还将迎来曹操大军的进攻，这正是名垂青史的赤壁之战……

三顾茅庐后著名的隆中对以及具有决定性意义的赤壁之战，帮助刘备（あおい輝彦配音）称霸一隅，和强大的曹操（渡濑恒彦配音）、孙权（柴田秀胜配音）形成三足鼎立的格局。公元208年，诸葛亮（山口崇配音）与东吴水军都督配合，在赤壁击败曹操的八十万大军，从而使刘备确立了在荆州的统治。为了进一步实现三分天下的格局，刘备在庞统、魏延、黄忠等人的陪同下入军蜀中，途中却受到自称关羽之女凤姬（鶴ひろみ配音）的飞矢警告。他自告奋勇帮助刘璋迎战汉中张鲁，而一代谋士庞统最终死在了落凤坡。魏、蜀、吴三国之争进入了最后决断时刻，谁将成为中原霸主……

小津一家独自居住在一栋西式大宅里。其一家之主是深雪、与经营自营农园的长子・莳魔法战队魔法连者标志魔法战队魔法连者标志人负责养育著其余四个孩子，一个过著普通生活的家庭。就在一个星期日的早上，在一家人的面前出现了一个魔法阵，而从里面居然跑出一个丑恶的妖怪。就在孩子们不知如何是好的时候，妈妈深雪拿出一个造型奇妙的移动电话，并且用它变身成像是穿着白色战衣的天使一般的形态，将妖怪两三下打倒。回到家后，深雪告知惊讶不已的孩子们说。先前所打倒的妖怪是为了侵略地上界而曾被“天空圣者”所封印的地底冥府印菲西亚的冥兽。自己是为了与复活的印菲西亚战斗，授以天空圣者的魔法可变身成魔法使・魔法圣母。而且孩子们也与自己同样拥有魔法使的资质……

泷莲三郎（屋良有作配音）一个普通的上班族，而他有着不为常人所知的另一个角色——“黑暗护卫”（闇ガード），为了维护人界与魔界之间的和平而不断的战斗着。接到上级分配下的任务，与魔界的绝色美女麻纪绘（藤田淑子配音）一起保护魔导士乔瑟贝‧迈亚多（永井一郎配音），确保他在即将在东京签订的两界休战条约之前的安全。在机场经过一场恶斗后，总算是接到了迈亚多，而他却是个任性的好色老头。但俩人基于职责所在，将迈亚多护送到饭店。殊不知魔界激进派分子早已经设下埋伏并展开攻击，意图破坏和约的签订。危机中，泷与麻纪绘能否顺利完成任务？而随着局势发展，泷与麻纪绘发现整个事件背后令人惊讶的真相……本片的原始企画仅为35分钟左右的OVA作品，后来却在制作分镜稿时，发展成为87分钟的动画电影。

SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。理想成为MS驾驶员的少年阿鲁，自愿为吉恩突击小队侦察联邦军的秘密基地的位置，并与监视他的青年巴尼成为了好友。一日，巴尼在阿鲁的窗下与克丽丝邂逅，这为巴尼的监视任务带来一分情趣。同时，在突击小队的秘密仓库中，对高达用新型MS--坎普玛正在组装中，计划在圣诞节前，完成破坏阿历克斯的任务。一切准备工作完成后，破坏高达作战展开，由吉恩老兵驾驶的坎普玛，将驻守的联邦部队打得落花流水，并与突击小队配合，很快到达了停放阿历克斯的秘密工厂，阿历克斯NT-1仓促应战，并以性能的优势将坎普玛击败。至此，吉恩突击小队作战失败，小队除巴尼以外全员战死。吉恩突击小队作战失败后，小队唯一幸存者巴尼接到了立即撤离SIDE6的指示。因为吉恩军没有机会再组织力量破坏高达，于是他们打算圣诞夜之前，用核弹摧毁整个宇宙殖民地。巴尼得知消息后，要求阿鲁立即通知家人与克丽丝尽早离开殖民地，但遭到阿鲁的反对。阿鲁希望自己心中的优秀驾驶员巴尼，能击溃阿历克斯挽救殖民地的命运，于是巴尼只得一个独自离开。警方无法相信阿鲁的报警，置之不理。同时，吉恩军搭载核弹头的攻击舰已驶离母舰。阿鲁面对朋友与家人几欲绝望，此刻在机场，巴尼正犹豫不决，最终，他下定决心，为了阿鲁与心爱的克丽丝，以及殖民地的人们，向阿历克斯发出最后的挑战。在阿鲁的协助下，他修复了初次袭击SIDE6时被击落的扎克，用唯一的武器--能量斧对NT-1发起了攻击。与此同时，阿鲁从父亲的口中得知了吉恩军将于数日后签定终战协议，他飞奔着跑向巴尼战斗的地方，但在他面前支离破碎的NT-1的光束剑，已刺穿了扎克的座舱。而救护人员从NT-1的座舱中抢救出的联邦驾驶员那一头秀丽的红发，更使阿鲁呆然……

1988年7月，关东地区使用新型炸弹进行爆破，第三次世界大战即刻爆发。31年后，人类从一片废墟中重建都市，东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。

本片由三段互无关联的故事组成。《她的回忆》：2092年，由伊瓦诺夫领导的太空垃圾回收飞船在返航途中接收到来自“宇宙坟场”的求救信号，特殊的是，信号中掺杂着歌剧《蝴蝶夫人》的唱段。队员汉兹与米格尔前往施救，却进入了一位歌剧演员艾娃的回忆，这些栩栩如生的回忆场景对船员们产生了威胁；《最臭兵器》：供职于制药公司的小职员田中信男拖着病体赶回公司，无意中服用了公司与军方合作的实验药品。自此信男成为了制造致命臭气的肉身工厂，对此毫不自知的信男却按照上司命令将药品样本送往东京总部，一路上引起大面积恐慌，军方不得不派出大批军队半路截杀信男；《大炮之街》：在一座由蒸汽驱动的城市中，一家三口展开了一天的生活。母亲去制造炮弹的工厂上班，父亲在炮台担任装填手，小儿子在学校里学习与大炮相关的知识。炮台不停开炮，但敌人的身影却始终没有出现……

就快放暑假了，小学生上原康一在放学回家的路上捡到一块大石头。他把石头带回了家，没想到用水一洗，里面竟跳出一只小河童来。小河童对他“咕”的叫了一声，于是康一就给它取名为“小咕”。小咕会说人类的语言，几百年来他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋友，他们一起洗澡，一起吃饭，一起睡觉。而其它家庭成员也接受了小咕，小河童成了上原一家的秘密。一天，小咕提出想回家和伙伴们在一起。康一为了让小咕了解外面的世界，悄悄把它带了出去。小咕发现环境已经面目全非，大吃了一惊，这个不适合就河童生存的地方根本就找不到伙伴。看到小咕难过，康一也不好受。他和小咕一起外出旅行，来到了还保存着河童传说的远野县。两人在美丽的大自然中找到了适合河童生活的地方，小咕愉快地在清澈的河里游了起来，康一也为它高兴。可是，在这里也怎么都找不到其它河童。康一听到村民们说“抓住一只河童能得一千万呢！”，赶忙带着小咕离开了那里。回到家，康一讶异地撞见了一个小报记者。原来那人听说上原家养着一只河童，一定要拍照。小咕的秘密终于被大家知道了。康一的爸爸被公司勒令一定要让河童上电视。为了上原一家，小咕答应参加电视节目。然而在到场嘉宾里，它看到了一个长得很像杀父凶手的人。就在小咕被恐惧包围的时候，电视节目现场发生了意外。它拼命逃到了外面，然而无论跑到哪里都会看到黑压压的人群。为了摆脱让它害怕的人类，小咕爬上了东京塔。夏季的烈日照得它精疲力竭。小咕俯瞰着城市，独自低语道：“哪里都找不到一个安静的地方，这里是人类的窝。我已经不行了。我要去爸爸那里……”

在奥内米斯王国里，有一支本应担任宇宙探险飞行的军队——王立宇宙军。但由于种种因素，他们始终只是一支无所作为的军队，甚至被其他军队视为废物。原本安于现状，只是在军队中混日子的年轻士官希洛兹（森本玲夫配音），与美丽的少女莉库妮（弥生みつき配音）邂逅，被她的单纯与虔诚所吸引，逐渐开始改变自己的人生态度——成为第一个探索宇宙的人，让“王立宇宙军”成为名副其实的宇宙探索者。但现实是残酷的，奥内米斯王国内部的腐败使他们的信念一次次受挫，似乎人们都更关注于地面上丑陋的斗争，虽然王立宇宙军最后得到了飞行的机会，但那确是帝国内部的阴谋，企图牺牲希洛兹搭乘的火箭，以作为和邻国开战的借口。即便这样，希洛兹还是坐上了火箭，他能否看到太空中的日出呢……