《海底小纵队第九季》讲述了一群可爱小动物组成的海底探险小队的故事。他们居住在神秘基地——章鱼堡，随时准备出发去解决海底、陆地、空中的险情、排除可能发生的危险。小纵队成员们以巴克队长为领导核心，集结呱唧、皮医生、达西西、章教授、西瓦、巴德等团队成员在全球各地完成“探险、拯救、保护”的使命。他们足智多谋，各怀绝技，齐心协力，时刻准备克服险情，排除危机，为各种各样真实存在的陆地及海洋生物提供帮助与救援。

故事讲述了秦宇的未婚妻在调查卡斯集团时离奇死亡，为了在法庭上成功指证这个作恶多端的生物集团，秦宇跟踪掌握集团犯罪证据的杰森上了邮轮，却突遭变异蛇群攻击，误入卡斯集团进行非法实验的岛屿，岛屿奇怪的生态环境与巨蛇的再次来袭，令秦宇等人身陷绝命危机，而后众人齐心协力相互配合脱离险境，并圆满将卡斯集团罪行公布于众的故事。

本片的男主，鬼佛山（魔宗）培养多年的杀手，因善于御剑杀人，被称为“剑”。后遭遇搭档背叛与围剿，被心爱之人斩断手臂，身心俱残的剑开始自暴自弃，直至被女主一家人救下，剑逐渐被感化，并拥有了一个颇具浪漫色彩的名字——剑十二

赛车手林闯爱慕竞争对手梁梓，一次沙漠赛事，梁梓半途主动退出，林闯不明所以但追随前去。不料二人途中却遭遇地下神秘沙蟒袭击，一路逃至附近的废弃工厂，发现富商熊坤正在此地进行稀有矿物勘探，他正是从生物博士姜聪手里买下这块地。种种线索显示，神秘沙蟒、失踪父亲、废弃工厂之间有着紧密联系。这时众人发现地下暗藏着更多的巨型沙蟒。荒芜之地，人与兽在斗，人与人之间也在斗。

拥有着强大力量的创世神杖被四大神之一的埃及神拉（李璐 配音）盗走。为了令宇宙免于被毁灭的悲惨命运，希腊神宙斯（藤新 配音）派出了自己的女儿雅典娜（山新 配音）追踪神杖的下落。

为了寻找下落不明的太子（图特哈蒙配音），大护法（小连杀配音）来到了一个诡异而又古怪的小镇上，在那里居住着一群不会说话的花生人，它们夜夜点燃来路不明的油灯，将天上漂浮的巨大花生熏得黑漆漆的。大护法在镇上找到了藏匿在此的太子，并遇见了一直在保护着太子的小鸣（幽舞越山配音）和会说话的花生人小姜（李兰陵配音），在大护法的威逼利诱之下，太子同意跟他回去继承王位，却在半路上遭到了绑架。在解救太子的过程中，大护法渐渐解开了这个小镇上隐藏的骇人谜团，与此同时，他的强大宿敌亦在身后步步紧逼，企图将他置于死地而后快。

女高中生小叶突然被吸入一个只有年轻男孩子的世界。这个世界被黑暗势力所支配，没有光明。在这里，衣服可以召唤武将、天神等，所以穿戴整齐的小叶成为了这个世界里最强的人，肩负起了找回被黑道夺走的光明的重任，从此开始了在黑暗世界的冒险之旅…

平凡的少女爱是随处可见的舞者。她一直看着自己的朋友町展现出舞者的才能并为此感到消沉，但有一天她发觉了町的才能的“秘密”。那是，被邪恶的法术变成手掌大小的天才们“恶偶”这一存在。只要持有恶偶，不论是谁都能成为天才。爱为了拯救成为制造恶偶的“裁缝师”的町，而成为了代代与裁缝师对立的“救济者”。

搞了半天，原来我们人类的世界其实不是真实世界，而是古代神祉女娲用法器“山河社稷图”创造出来的幻想世界。于是，在我们所身处的虚拟空间之外，还有一个充满仙术的真实世界。