《呼噜小精灵第二季》继续讲述发生在来自睡不醒王国的呼噜小精灵和男孩可乐之间的故事。

讲述了尚书之女颜知夏女扮男装误入皇宫，被当作小太监无法脱身，紧接着又遇到性格怪异样貌英俊的皇帝严锦，被迫成为皇帝贴身太监，一步步在严锦的奴役和帮助下成为太监大总管的故事。然而峰回路转，知夏原本以为是自己天赋异禀，而现实是严锦在她入宫时便得知其女儿身份，看似是娇俏小太监打怪升级求上位，实则乃皇帝陛下运筹帷幄强势撩妹。

阎王宝藏一案之后，梅雨墨继承帝位，白雪晴逃离了京城。几年过去，阳城爆发瘟疫，蔓延至京城，梅雨墨带上佟安出宫微服私访，二人身陷黑店之际，被一日本女孩晴明所救。另一边，白雪晴同秦三川进京调查瘟疫的原因。机缘巧合之下，白雪晴与梅雨墨匆匆相遇......此时皇城深宫中，权倾朝野的六贝勒与仁贵妃似乎又有着不可告人的预谋。风雨欲来，随着帝国主义势力的渗透，大清江山摇摇欲坠......

食神传人杨一恒这次被老鬼指派到了1945年初的大上海，此刻，抗战正值黎明前的黑暗，杨一恒需要完成的任务险峻无比。这次他得到了许多正义之士的协助，也牺牲了很多。仙医神厨再次发挥超能力，智斗日本侵略者，势要破坏日本人在撤退投降前部署的狡诈阴谋！

叶肃（姜潮 饰）、张一闲（蒋雪鸣 饰）和黄大中（王厦 饰）是大学时代的好友，彼此之间感情十分要好。毕业后，三人面临着他们各自的选择，最终，他们决定留在竞争激烈但是机会繁多的大城市，希望能够依靠他们的努力和拼搏为自己闯出一片辉煌的天地。

小女孩们的成长可不是总是像“甜甜圈”那么甜蜜，在她们成长过程，也会糗事连连、乌龙多多。