本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。　　2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。　　这一切都是命运石之门的选择。

漩涡博人（三瓶由布子 Yuko Sanpei 配音）虽然是七代火影漩涡鸣人（竹内顺子 配音）的儿子，但是他并不以父亲为荣，父子间充满了误会。博人为了打败父亲，准备拜师宇智波佐助（杉山纪彰 配音），与此同时，博人与佐助的女儿佐良娜（菊池心 配音）、三月（木岛隆一 饰）组成了小队，共同参加下影的考试。下影考试开始，博人求胜心切，不料考试途中，神秘反派大筒木桃式、金式发动了突然袭击，鸣人为了保护木叶村陷入了危机。博人开始重新认识这个父亲，和佐助、我爱罗等父亲的老朋友开始了拯救鸣人的战斗。