曾经，埼玉（古川慎配音）只是一介平凡的上班族，某日，在偶然之中遇见了遭到变种螃蟹攻击的少年，心中升腾起了正义之感，对其出手相救。就此之后，埼玉幼年时代的英雄梦想在内心里死灰复燃，为了变得更加强大，埼玉开始了艰苦的训练，一晃眼数年过去，他仿佛脱胎换骨般的获得了异常强大的力量，但却付出了变成光头的代价。由于埼玉的力量实在是过于强大，无论面对如何可怕的敌人，都只需一拳就能分出胜负。之后，埼玉遇见了名为杰诺斯（石川界人配音）的改造人，后者在领略了埼玉的绝对强大之后拜其为师。与此同时，埼玉和杰诺斯报名加入了英雄协会，成为了真真正正有名有号的英雄，就此开始了打击罪恶之旅。

小杰富力士（潘惠美 配音）自幼失去双亲，由婶婶抚养长大，自由的大海和幽深的森林培养了他得天独厚的敏锐和豁达。长大后的小杰偶然得知，自己的父亲并没有死亡，并且留给了他一个任务，这个任务就是：成为“猎人”，然后找到他。“猎人”，那个时代最风光的职业，经过层层挑战千挑万选，只有最最优秀的人才能够获得猎人执照，而有了这张执照，便可以在这个凶险的世界里更自如的生存下去。为了追随父亲的脚步，小杰上路了。这一路暗礁重重，但是小杰凭借自己的本能结识了优秀的朋友，志愿成为医生的雷欧力（藤原启治 配音），最后一个窟卢塔族酷拉皮卡（泽城美雪 配音），还有他这辈子最重要的同伴奇犽（伊濑茉莉也 配音）。此外，那宿命中的敌人们也出现了——幻影旅团。

晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。

朝比奈曾是一名警察，身手不凡，行事谨慎，但在某个事件中受挫，不得不离开警局，自此从事警卫工作。某日，朝比奈被分配到难度係数最高也最危险的“4号警卫”任务，而石丸被指定做他的搭档。石丸曾是经营公司，谨慎的毛病延续到警卫工作中，被人称作“胆小鬼”。他们将保护各种要人：盲人、参加选举的妇女、黑社会老闆....

铁剑（高山南 配音）奉父之命潜心钻研剑道，在比赛场上遇见了一生的宿敌鬼丸猛（堀川亮 配音），几番较量之下，鬼丸猛成为了铁剑的手下败将，不甘心的他被风神附体，得到了绝世珍宝风神剑。这边厢，铁剑亦得到了同样拥有强大力量的雷神剑，鬼丸猛一心想要夺走雷神剑，实现自己双剑合璧统治地球的野心，然而却总是不敌铁剑。

　　为了准备学校音乐会的演出，大雄埋头苦练他并不擅长的竖笛。这时，他的面前出现了一位神秘的外星少女米佳，她格外中意大雄吹出来的跑调的笛声，于是米佳引领哆啦A梦和伙伴们来到了以音乐为能量的外星球上的一座音乐殿堂。就在这时，一种能够令音乐从世界上消失的神秘生命体突然降临，地球陷入危机……！哆啦A梦和伙伴们究竟能否拯救音乐的未来和地球危机呢？

　　怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？　　此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！　　同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近……

曾经，埼玉（古川慎 配音）只是一介平凡的上班族，某日，在偶然之中遇见了遭到变种螃蟹攻击的少年，心中升腾起了正义之感，对其出手相救。就此之后，埼玉幼年时代的英雄梦想在内心里死灰复燃，为了变得更加强大，埼玉开始了艰苦的训练，一晃眼数年过去，他仿佛脱胎换骨般的获得了异常强大的力量，但却付出了变成光头的代价。

由于阿笠博士家的浴室出了故障，江户川柯南（高山南 配音）随同小兰（山崎和佳奈 配音）、灰原哀（林原惠美 饰）一同去大众浴池洗澡。期间柯南不小心滑倒撞到头部，随后被两名神秘的陌生人带走。一番混乱后，天才诈欺师娜娜（深见梨加 配音）和神秘杀手近藤（香川照之 配音）将失去记忆的柯南带到某处隐蔽的别墅，并伪装成他的父母，而追踪近藤他们的阿笠博士和灰原则遭遇严重车祸。娜娜所属的某个犯罪团伙似乎打算利用制造一起炸弹恐怖袭击。与此同时，供职于某杂志的编辑水岛早苗（广末凉子 配音）怀疑丈夫近藤有外遇，而找到毛利小五郎调查丈夫的行踪。时间流逝，险恶的阴谋浮出水面……

“名侦探柯南系列”第23部动画剧场版，票房和口碑也屡破纪录。作为平成年代最后一部柯南电影，首次将案件发生地设立在海外，基德时隔四年后再度回归，与柯南合体展开行动。