隶属于美国军方的某神秘机构，正在进行着一项隐形技术的研究。科学家塞巴斯蒂安·凯恩（凯文·培根 Kevin Bacon 饰）是这支小组的主要负责人，经过多年的努力，他们的研究在动物身上已经初见成效。急功近利的塞巴斯蒂安无视药物的不稳定性，执意在自己身上尝试。该药物的隐形效果非常出色，但是塞巴斯蒂安却无法恢复正常。为此，他的搭档琳达·福斯特（伊莉莎白·舒尔 Elisabeth Shue 饰）和马特·肯辛顿（乔希·布鲁林 Josh Brolin饰）抓紧解药的开发，而塞巴斯蒂安却越来越喜欢隐形的感觉，透明的状态让他可以为所欲为。为了保持现有状态，他变得丧心病狂……

企业号宇宙飞船遨游在太空，在人类和外星人中间传播好意，同时也在防范敌对星球有可能的攻击行为，因为有迹象表明，星际联盟的老对头罗木兰星球有可能发起新一轮的攻击。皮卡特船长和他的船员们也在小心翼翼的观察着事态的进展，时刻准备投入战斗。